Archivos de la categoría LaTeX

Donald Knuth

Donald Knuth (imagen tomada de Wikipedia)

Quizá a algunos os suene el nombre de Donald Knuth. Uno de los padres de la informática moderna y creador, entre otras cosas, del sistema de tipografía TeX (en el que se basan otros sistemas como LaTeX).

Pues bien, hace unos días se publicó en Magnet (Xataka) una breve entrada sobre él que os recomendamos desde la Sección de Apoyo Estadístico. La entrada no es muy larga pero hace un breve repaso sobre su vida y sus obras más conocidas The Art of Computer Programming y TeX. Además, se cuentan algunas curiosidades y anécdotas interesantes, por lo que se hace una lectura muy amena.

Así que, sin más, aquí os dejamos la entrada. Esperamos que la disfrutéis.

Taller: Documentos científicos y técnicos de alta calidad: más allá de wysiwyg

noWar

¿Qué es esto?

Presentaremos una metodología sencilla que proporciona documentos de calidad: tipográfica y estructurados. El método, relativamente sencillo, deja al ordenador y sus programas las tareas más rutinarias:

  • gestión de citas y referencias bibliográficas,
  • numeración de tablas y figuras,
  • salidas a distintos formatos (pdf, epub, web, word,. . . )
  • útil para documento cortos, trabajos organizados por capítulos, presentaciones, . . .

¿A quién va dirigido?

A los alumnos de cualquier titulación de la Facultad de Biología, pero puede participar cualquier miembro de la misma. Este taller está destinado preferentemente a alumnos de cuarto, tercer, segundo y primer curso (por ese orden). ¿Cuándo? De cuatro a seis de la tarde la fecha la seleccionas tu: 27 Octubre, 10 ó 15 Noviembre.

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Seminario SAE: El paquete Tables

alvarox Hoy ha tenido lugar el seminario sobre “El paquete tables de R”, que ha dado Álvaro Hernández Vicente. Que facilita mucho la creación de tablas con muchas categorías, cuidando el aspecto, genial para incluir en nuestros informes automáticos de grandes conjuntos de datos.

Os dejamos aquí la presentación en pdf. Paquete-tables-pres.pdf

Taller: Documentos científicos y técnicos de alta calidad: más allá de WYSIWYG

El día viernes, 13 de Mayo, se celebrará a las 12:00 en el ADLA BUITRE, el taller “Documentos científicos y técnicos de alta calidad: más allá de WYSIWYG”.

Zpala

¿Qué es el “WYSIWYG”?

Las siglas “WYSIWYG” significan “What you see is what you get”, y hacen referencia a todos los editores/procesadores de texto con un tipo de formato que permite escribir un documento viendo directamente el resultado final, frecuentemente el resultado impreso.
Esto, aunque aparentemente parece una ventaja, tiene sus inconvenientes, pues en pos de poder ver lo que será el resultado, el software sacrifica prestaciones, al no poder obtener un manejo absoluto de lo que se está editando.
Un ejemplo de editores/procesadores de texto que no se encuadran dentro de la familia “WYSIWYG” es LaTeX; un sistema de composición de textos, orientado a la creación de documentos escritos que presenten una alta calidad tipográfica. Por sus características y posibilidades, es usado de forma especialmente intensa en la generación de artículos y libros científicos que incluyen, entre otros elementos, expresiones matemáticas.

Índice de contenidos, figuras y tablas

Este documento es un ejemplo de cómo hacer con RStudio que tus documentos, además de un índice de contenidos, tengan un índice de tablas y otro de figuras. Para eso haremos uso de instrucciones de LaTeX en el documento de Rmarkdown.

Se puede descargar el fichero en Rmd y pdf desde aquí:.Rmd, .pdf

Índice de contenidos: toc

Para hacer que aparezca un índice de contenidos, en el preámbulo del documento ponemos toc: yes, de esta forma:

---
title: "Índice de contenidos, figuras y tablas"
output:
  pdf_document:
    toc: yes
---

toc

Índice de tablas y figuras

Para el índice de figuras tenemos que añadir dos sentencias de LaTeX donde queramos que aparezcan estos índices

\listoffigures
\listoftables

simplemente aparecerá al principio el toc o table of contents que es lo que pretendíamos. Vemos los detalles …

listoffigures

list of figures

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Curso de LaTeX de ASEMAT

ASEMAT Lo imparte la Asociación de Estadística y Matemáticas de la Universidad de Murcia (ASEMAT)

Está abierto el periodo de matricula: Sigue leyendo

Tablas en pdf con RMarkdown y Knitr

Para los que suelen trabajar con archivos Rmarkdown desde RStudio, hoy traemos tres funciones para generar tablas en un documento pdf: kable(), pandoc.table() y xtable(); de los paquetes: knitr, pander y xtable, respectivamente.

Pasamos a ver cada una por separado, generando las tablas con las opciones habituales en cada caso para que puedan servir de plantilla base.

Función kable(), del paquete knitr

Yo diría que la más sencilla de utilizar. Por defecto hace unas tablas muy bonitas. Tiene pocas opciones, así que, por un lado es muy fácil de aprender a usar pero, por otro, si queremos algo más concreto puede quedarse corta. Tal y como se afirma en si descripción: “No es su intención reemplazar a ningún otro paquete de R para hacer tablas”.

Una característica a destacar es que en un pdf, si quedara muy larga la tabla para una página, por defecto kable() la divide en dos y la continúa en la siguiente.

# install.packages("knitr")
library(knitr)
data("airquality")
df <- head(airquality, 15)
kable( df , caption = "BBDD `airquality` con `kable()`"
       , align = c('l', 'c', 'r', 'r', 'c', 'l')
       , col.names = c("Ozono","Solar.R","Viento","Temp","Mes","Día")
       , row.names = TRUE
       , digits = 1
       , format.args = list( decimal.mark = ",")
      )

tabla-kable

Función pandoc.table(), del paquete pander

Tiene bastantes opciones. Características a destacar: que también divide las tablas como kable() si son muy largas, y además, también lo hace si son muy anchas. En este último caso, te parte la tabla automáticamente y te la muestra a continuación con las columnas que no hubieran cabido. Importante: no hay que olvidar poner results = 'asis' en las opciones del chunk.

# install.packages("pander")
library(pander)
pandoc.table( df
              , caption = "BBDD `airquality` con `pandoc.table()`"
              , justify = 'lcrrcl'
              , round = 2
              , decimal.mark = ","
              , missing = NA
              , emphasize.rownames = FALSE
              , split.cells = 5
              , emphasize.strong.cells =
                  which(df > 12 & df == df$Wind, arr.ind = TRUE)
             )

tabla-pandoctable

Función xtable(), del paquete xtable

Potencia LaTeX. Lo mejor es utilizarla junto con print(), ya que, se añaden más opciones (ver print.xtable()). Importante: igual que con pandoc.table() hay que poner results = 'asis'.

# install.packages("xtable")
library(xtable)
print(xtable( df
             , caption = "BBDD \\texttt{airquality} con
                          \\texttt{xtable()}"
             , align = 'clcrrcp{2cm}'
             , digits = 2
             , label = "tab:label"
            )
      , comment = FALSE
      , table.placement = "h!"
      , caption.placement = "top"
      , NA.string = "NA"
     )

tabla-xtable

Conclusiones

En resumen, para una tabla sencilla en Rmd yo personalmente utilizo la función kable(): no hay que instalar ningún paquete adicional a knitr y la sintaxis se aprende muy rápido. Solo cuando quiero hacer alguna tabla más concreta (o cuando es muy ancha) opto por pandoc.table(), que te da muchas opciones sin perder la relativa sencillez. Y finalmente, en contadas situaciones, cuando he de hacer algo muy muy concreto en el que tengo que tirar de LaTeX utilizo xtable().

Cada cual que utilice la que más le guste, o como yo, la que más le convenga en cada caso.

Referencias y enlaces

EIDUM, GDA01: Procedimientos para la elaboración de informes y documentos científico-técnicos

2014-10-23 12.16.26

Comienza el curso de EIDUM “Procedimientos para la elaboración de informes y documentos científico-técnicos”. Consiste en dos sesiones, y hay tres grupos con diferente horario (mañana y tarde). Se imparte en el aula Mangel de ATICA. Acceso a la agenda aquí.

Destinatarios

Para elaborar documentación de carácter técnico es necesario incluir diversos elementos en el texto: índice de contenidos, de figuras y de tablas, datos, referencias cruzadas, citas bibliográficas, etc. La utilización de un adecuado proceso de trabajo y del software adecuado proporciona los mejores resultados y numerosos beneficios, por ejemplo, el ahorro de tiempo, mejor calidad tipográfica y reducción de errores; además, permite introducir elementos y modificaciones en cualquier momento sin requerir una reedición del material ya elaborado.

Además de estas ventajas, cabe añadir la posibilidad de que los documentos, cuando contienen análisis estadísticos, puedan incluir tanto los procedimientos y como los resultados de los cálculos realizados. Los documentos así elaborados permiten reproducir los mismos análisis y cálculos únicamente utilizando nuevos datos de entrada; esta forma de trabajar que se demonima investigación reproducible o análisis reproducible.

Estas tareas se pueden abordar desde lenguajes de marcas como markdown, que se ha convertido en un estándar en la elaboración de documentos digitales y que proporciona la posibilidad de crear desde un mismo documento base, distintas versiones en formatos de word, pdf, epub (y otras versiones de documentos electrónicos).

Este curso proporcionará las bases para poder preparar documentos aprovechando al máximo las capacidades de los programas para evitar el trabajo manual y descargando las tareas repetitivas en el ordenador.

Es recomendable tener nociones básicas del lenguaje R.

Competencias

  • Saber elaborar documentación con un sistema minimalista.
  • Saber crear documentos científicos de calidad y para distintos formatos a partir de un mismo original.
  • Saber organizar adecuadamente la información para realizar automáticamente la presentación de la información en el documento final.
  • Saber gestionar las referencias bibliográficas y su citado de forma automática en los documentos.

Contenidos

  1. Documentos: estructuras y ficheros
  2. Los lenguajes de marcas y markdown
  3. Edición de documentos con markdown: programas y plugins, usando rstudio
  4. Normas de estilo y fundamentos en la elaboración de documentos científicos
  5. Uso de bases de datos de referencias y citado automático
  6. Introducción al análisis reproducible

Resultados de aprendizaje

  • Crear documentos científicos de calidad
  • Reducir los tiempos de edición y revisión de los materiales elaborados
  • Trabajar reduciendo al máximo los errores en las tareas mecánicas con un coste mínimo de elaboración

Cursos de la Escuela Internacional de Doctorado UMU

Desde la Sección de Apoyo Estadístico del SAI colaboramos en algunos cursos del Doctorado Internacional destinados a los futuros doctores y doctoras de esta Universidad. Los cursos están encuadrados en de la temática Diseño de Experimentos y Fundamentos de Análisis de Datos:

  • IER01: Introducción a R y RStudio.
  • GDA01: Procedimientos para la elaboración de informes y documentos científico-técnicos.
  • IDC01: Representación y tabulación de datos.
  • MEX01: Métodos de contraste de hipótesis y diseño de experimentos.
  • MAN01: Métodos de análisis de datos multivariantes.
  • EDE01: Creación, manejo y explotación de datos espaciales.

A principios de mes comenzamos con el primero de los cursos, sobre Introducción a R y RStudio. En futuras entradas os iremos contando más cosas sobre ellos :).

Fdo. El 00Rteam

logo-00rteam

2015-12-15-todos-00rteam

Enlaces en bibliografia empleando bibtex y el tipo de entrada misc

Un pequeño quebradero de cabeza se da cuando quieres que salga una url en la bibliografia y en el bibtex empleas url={}.

Claro todo depende mucho del estilo elegido. Lo que he hecho en ocasiones para las webs y documentos on-line es emplear el tipo de entrada misc de la siguiente manera, con howpublished y note.
De esta forma:

@misc{loqsea,
  author = {González,  Fulanito and López, Menganito},
  title = {El titulo de su trabajo},
  howpublished = "\url{https://es.wikipedia.org/wiki/Wiki}",
  year = {2015}, 
  note = "[Online; accedido 24-Nov-2015]"
}

Así empleando el estilo unstr y el paquete url el tema va al pelo

\usepackage{url}

\bibliographystyle{unsrt}

\bibliography{referencias.bib}

Por ejempo:
ejemplo